高校、科研機(jī)構(gòu)等創(chuàng)新主體承擔(dān)的科研項(xiàng)目根據(jù)經(jīng)費(fèi)來(lái)源，一般分為縱向項(xiàng)目和橫向項(xiàng)目?jī)纱箢?lèi)。
縱向項(xiàng)目是指從國(guó)家部委和各省市納入財(cái)政計(jì)劃的科研撥款中直接獲得經(jīng)費(fèi)的項(xiàng)目，如國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、自然科學(xué)基金等。橫向項(xiàng)目一般是為具體部門(mén)、企業(yè)等主體解決工作中的難題和技術(shù)攻關(guān)而立項(xiàng)，通過(guò)提供技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)咨詢(xún)等服務(wù)而獲得經(jīng)費(fèi)和酬勞的合作形式，不涉及財(cái)政資金?？v向項(xiàng)目和橫向項(xiàng)目在經(jīng)費(fèi)管理方面存在較大區(qū)別，經(jīng)費(fèi)的激勵(lì)分配也不盡相同。
一、縱向項(xiàng)目：間接費(fèi)用可全部用于績(jī)效支出
對(duì)于縱向項(xiàng)目，高校院所須按照國(guó)家和所在單位的相關(guān)制度嚴(yán)格執(zhí)行，資金使用范圍有明確的規(guī)定，人員激勵(lì)分配機(jī)制也較為明確。
2021年8月，國(guó)務(wù)院辦公廳印發(fā)《關(guān)于改革完善中央財(cái)政科研經(jīng)費(fèi)管理的若干意見(jiàn)》（國(guó)辦發(fā)〔2021〕32號(hào)），在加大科研人員激勵(lì)力度方面，提出：
一是間接費(fèi)用可全部用于績(jī)效支出。財(cái)政科研項(xiàng)目資金支出分為直接費(fèi)用和間接費(fèi)用。前者是指在項(xiàng)目研究過(guò)程中發(fā)生的與之直接相關(guān)的費(fèi)用，如設(shè)備費(fèi)、材料費(fèi)、測(cè)試化驗(yàn)加工費(fèi)、勞務(wù)費(fèi)、專(zhuān)家咨詢(xún)費(fèi)等；后者是指項(xiàng)目在組織實(shí)施過(guò)程中發(fā)生的無(wú)法在直接費(fèi)用中列支的相關(guān)費(fèi)用，包括管理費(fèi)用、績(jī)效支出等。
其中，間接費(fèi)用按照直接費(fèi)用扣除設(shè)備購(gòu)置費(fèi)后的一定比例核定，由項(xiàng)目承擔(dān)單位統(tǒng)籌安排使用?！度舾梢庖?jiàn)》規(guī)定，項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)500萬(wàn)元以下的部分，間接費(fèi)用比例為不超過(guò)30%，500萬(wàn)元至1000萬(wàn)元的部分為不超過(guò)25%，1000萬(wàn)元以上的部分為不超過(guò)20%；對(duì)數(shù)學(xué)等純理論基礎(chǔ)研究項(xiàng)目，間接費(fèi)用比例進(jìn)一步提高到不超過(guò)60%。項(xiàng)目承擔(dān)單位可將間接費(fèi)用全部用于績(jī)效支出，并向創(chuàng)新績(jī)效突出的團(tuán)隊(duì)和個(gè)人傾斜。
二是穩(wěn)定支持科研經(jīng)費(fèi)可提取不超過(guò)20%作為獎(jiǎng)勵(lì)經(jīng)費(fèi)。允許中央級(jí)科研院所從基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)、中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專(zhuān)項(xiàng)經(jīng)費(fèi)、有關(guān)科研院所創(chuàng)新工程等穩(wěn)定支持科研經(jīng)費(fèi)中提取不超過(guò)20%作為獎(jiǎng)勵(lì)經(jīng)費(fèi)，由單位探索完善科研項(xiàng)目資金激勵(lì)引導(dǎo)機(jī)制，激發(fā)科研人員創(chuàng)新活力。獎(jiǎng)勵(lì)經(jīng)費(fèi)的使用范圍和標(biāo)準(zhǔn)由試點(diǎn)單位（擴(kuò)大至所有中央級(jí)科研院所）自主決定，在單位內(nèi)部公示。
《若干意見(jiàn)》提出“合理核定績(jī)效工資總量”，但未直接明確間接費(fèi)用中列支的績(jī)效支出，以及從穩(wěn)定支持科研經(jīng)費(fèi)中提取的獎(jiǎng)勵(lì)經(jīng)費(fèi)，與國(guó)有企事業(yè)單位績(jī)效工資總量管理之間的關(guān)系，但我們看到部分地方科技計(jì)劃項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)管理辦法已有所突破。
例如，2021年9月北京市財(cái)政局和北京市科委、中關(guān)村管委會(huì)印發(fā)的《北京市科技計(jì)劃項(xiàng)目（課題）經(jīng)費(fèi)管理辦法》（京財(cái)科文〔2021〕1822號(hào)）規(guī)定：實(shí)行工資總額管理的承擔(dān)單位從科研經(jīng)費(fèi)中列支的編制內(nèi)有工資性收入科研人員的績(jī)效支出，一次性計(jì)入當(dāng)年本單位績(jī)效工資總量，但不受核定的本單位績(jī)效工資總量限制，不作為核定下一年度績(jī)效工資總量的基數(shù)，不作為社會(huì)保險(xiǎn)費(fèi)繳納基數(shù)。
2023年2月廣州市科技局印發(fā)的《廣州市科技計(jì)劃項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)管理辦法》（穗科規(guī)字〔2023〕2號(hào)）明確：項(xiàng)目承擔(dān)單位屬事業(yè)單位或國(guó)有企業(yè)的，在間接費(fèi)用中列支的績(jī)效支出以及從穩(wěn)定支持科研經(jīng)費(fèi)提取發(fā)放的獎(jiǎng)勵(lì)支出，納入單位績(jī)效工資總量單列管理，不計(jì)入單位績(jī)效工資總量調(diào)控基數(shù)。
二、橫向項(xiàng)目：經(jīng)費(fèi)支出一般按約定執(zhí)行
對(duì)于橫向項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)使用，一般從雙方合同約定，也有一些單位和地方給出相關(guān)指導(dǎo)意見(jiàn)或管理規(guī)定。
例如，2016年8月中科院和科技部聯(lián)合印發(fā)的《中國(guó)科學(xué)院關(guān)于新時(shí)期加快促進(jìn)科技成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化指導(dǎo)意見(jiàn)》（科發(fā)促字〔2016〕97號(hào)）規(guī)定，對(duì)橫向課題經(jīng)費(fèi)和縱向課題經(jīng)費(fèi)施行分類(lèi)管理，橫向課題經(jīng)費(fèi)管理實(shí)行合同約定優(yōu)先；院屬單位應(yīng)與合作單位依法簽訂合同或協(xié)議，約定任務(wù)分工、資金投入和使用、知識(shí)產(chǎn)權(quán)歸屬、權(quán)益分配等事項(xiàng)，經(jīng)費(fèi)支出按約定執(zhí)行。
2018年11月湖北省財(cái)政廳印發(fā)的《湖北省省屬高校院所橫向科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)管理辦法》（鄂財(cái)教規(guī)〔2018〕9號(hào)）規(guī)定，橫向科研項(xiàng)目結(jié)題驗(yàn)收后，結(jié)余經(jīng)費(fèi)由研發(fā)團(tuán)隊(duì)（研發(fā)團(tuán)隊(duì)公司）自主使用。鼓勵(lì)研發(fā)團(tuán)隊(duì)（研發(fā)團(tuán)隊(duì)公司）用結(jié)余經(jīng)費(fèi)進(jìn)行后續(xù)科研活動(dòng)；鼓勵(lì)研發(fā)團(tuán)隊(duì)（公司）用結(jié)余經(jīng)費(fèi)以創(chuàng)業(yè)資本或增資入股形式創(chuàng)辦科技企業(yè)；鼓勵(lì)研發(fā)團(tuán)隊(duì)（研發(fā)團(tuán)隊(duì)公司）用結(jié)余經(jīng)費(fèi)為招收的全日制本科生、碩士研究生、博士研究生繳納學(xué)費(fèi)。
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