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良心教程:手把手教會利用STAMP軟件分析物種功能差異結(jié)果(stamp分析方法)

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STAMP軟件是一款可以分析微生物物種與功能組成及差異的可視化軟件,適用于多種類型的組間差異分析,比如物種分布及豐度差異、基因差異、功能差異等等。利用STAMP軟件可對物種功能富集結(jié)果進(jìn)行PCA展示,并分析兩兩組之間的顯著差異功能等。今天為大家整理了該軟件的下載、安裝及使用方法。

下圖為該軟件官網(wǎng)主頁:

https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMP

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Step1:下載軟件并安裝

進(jìn)入官網(wǎng)主頁,點(diǎn)擊Downloads-STAMP v2.1.3,進(jìn)入下載界面下載后雙擊安裝。

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Step2:打開軟件

準(zhǔn)備2個(gè)輸入文件,點(diǎn)擊File–Load data:樣本的功能富集結(jié)果及樣本分組情況:

(1) KEGG.txt:

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(2) Group.txt:

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Step3:開始分析

導(dǎo)入文件:

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第1個(gè)文件為功能富集結(jié)果,第2個(gè)文件為樣本分組文件;

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?。?!注:如果在導(dǎo)入文件的時(shí)候遇到以下Error,請檢查文件名或路徑是否有中文,改為全英文后再進(jìn)行文件導(dǎo)入。

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Step4:結(jié)果

1)PCA plot:PCA分析結(jié)果,點(diǎn)擊不同的plot可切換不同可視化方法。

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(2)Bar plot:繪制各樣本的物種功能柱狀圖,快速查看各組數(shù)據(jù)分布的具體情況

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(3)Heatmap plot:各樣本的物種功能熱圖

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(4)Extended error bar:分組差異圖

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設(shè)置過濾條件,則可知輸出顯著差異的功能分類:

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