美國(guó)科學(xué)院理事會(huì)是科學(xué)院的最高管理機(jī)構(gòu)，下設(shè)多個(gè)職能部門(mén)，包括：
科學(xué)院理事會(huì)。由科學(xué)院的公職人員與其他12名院士組成，是科學(xué)院內(nèi)最高管理機(jī)關(guān)，負(fù)責(zé)制定各種決議文件和監(jiān)管其他部門(mén)的重要事務(wù)，以及其他科學(xué)院相關(guān)事務(wù)。
執(zhí)行委員會(huì)。由科學(xué)院院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)、內(nèi)務(wù)秘書(shū)、財(cái)務(wù)主管和另外3人的7名成員組成執(zhí)行委員會(huì)，科學(xué)院院長(zhǎng)與內(nèi)務(wù)秘書(shū)分別任執(zhí)行委員會(huì)主席與秘書(shū)。
財(cái)務(wù)委員會(huì)。財(cái)務(wù)委員會(huì)由科學(xué)院財(cái)務(wù)主管、院長(zhǎng)以及院長(zhǎng)指定的不超過(guò)6名的院士組成，負(fù)責(zé)科學(xué)院所有財(cái)務(wù)資源的管理和相關(guān)事務(wù)。
國(guó)家研究理事會(huì)。理事會(huì)的管理委員會(huì)成員包括：科學(xué)院院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)、財(cái)務(wù)主管和3名科學(xué)院理事會(huì)的成員；工程院院長(zhǎng)和4名工程院理事會(huì)的成員；醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)和1名醫(yī)學(xué)院理事會(huì)的成員。理事會(huì)的執(zhí)行委員會(huì)成員包括：科學(xué)院院長(zhǎng)和2名科學(xué)院理事會(huì)的成員；工程院院長(zhǎng)和1名工程院理事會(huì)的成員；醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)。
公職人員。美國(guó)科學(xué)院的公職人員有院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)、內(nèi)務(wù)秘書(shū)、外事秘書(shū)和財(cái)務(wù)主管各1名。
美國(guó)科學(xué)院按專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域設(shè)有6個(gè)學(xué)團(tuán)：物理學(xué)與數(shù)學(xué)、生命科學(xué)、工程與應(yīng)用數(shù)學(xué)及物理學(xué)、醫(yī)學(xué)、行為學(xué)與社會(huì)學(xué)、應(yīng)用生物學(xué)與農(nóng)業(yè)科學(xué)。然后在每一學(xué)團(tuán)內(nèi)再根據(jù)院士專(zhuān)業(yè)劃分學(xué)部?，F(xiàn)在共有31個(gè)學(xué)部。
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